A függetlenség elnyerését követő évtizedek városokban tapasztalható modernizációs folyamatai, a pánarab eszme és az arab szocializmus társadalmat átformáló hatása a tradicionális közösségekben értékrendi erkölcsi-válságot okozott. Ennek feloldására újabb szervezetek alakultak, amelyek ugyanacsak az iszlám – de szúfi – gyökerek felé fordultak. Az hatvanas évektől kezdődően számos ilyen társadalmi közösség jött létre, mint például az elsősorban a nők társadalmi helyzetével is foglalkozó, Ahmad Kaftáró főmufti tanítványának, Muníra al-Qubajszí vezetésével működő Qubajszíját Szervezete (جماعة القبيسيات). De ilyen volt a Muhammad al-Nabhán sejk alapította Kaltávíja Szervezet (جماعة الكلتاوية), amely szúfi irányba igyekezett hitéleti, lelki és társadalmi kiutat mutatni. Ugyanide sorolható az al-Qámilí-központú kurd Khaznavíja iszlamista mozgalmat (الخزنوية), amely Naqsbandíja-hálózat részeként elsősorban az észak-kelet-szíriai kurd közösségben igyekezett választ adni a modern kor kihívásaira.
A nyolcvanas évek elején, a hamái tragédiára adott válaszként alapított Dzsaudat Szaíd Mozgalom (جماعة جودت سعيد) is ide sorolandó. A névadó gondolkodóra komoly hatással voltak a század iszlamista teoretikusai, mint Muhammad Iqbál vagy Málik bin Nabí. Dzsaudat Szaíd az erőszakmentesség elvét hirdette s mint ilyen, elvetette a dzsihád törvényességét is.
Általánosságban elmondható ezekről a szervezetekről, hogy a Baath-rendszerben valamennyiük mozgástere véget ért a politika határainál, s az egyetlen, a politikában is szerepet vállaló intézmény az ország főmuftijának címét négy évtizeden (1964-2004) keresztül viselő, ellenfelei szerint kollaboráns, hívei szerint ügyes kompromisszumokkal operáló egyensúlyozó művész, Ahmad Kaftáró sejk ugyancsak Naqsbandíja-hátterű intézménye (az apja által még a francia mandátum korszakban alapított s általa 1938-tól vezetett Abú Núr Szervezet جماعة أبو النور) volt.
A szalafita irányzat ugyancsak jelentéktelen társadalmi bázissal ugyan, de jelen volt Szíriában – már a francia mandátum időszakában, sőt a kései oszmán korszakban. Ilyen volt a Muszlim Fiatalok Egyesülete (جمعية الشباب المسلمين) nevű korai, a később palesztinai tevékenysége folytán világhírre szert tevő Izz al-Dín al-Qasszám által Latakíjában 1911-ben alapított szervezet, amely a kezdetektől fogva a dzsihádot hirdette mint egyetlen hatékony eszközt a hit megvédésére. Tagjai az alapítást követő évben már részt is vettek a Líbiát megszálló olasz csapatokkal folytatott háborúban, majd az alapító haláláig (sőt nevével azon túl is) harcolt a Közel-Keletre érkező idegen hatalmak ellen.
A klasszikus szalafizmussal szemben, amely a vallást és az államot antagonisztikus fogalmakként közelítette meg, azaz az utóbbit jelenlegi formájában felszámolandónak vélte, a 20. század második harmadában jelentkező reform-szalafizmus (إصلاحي سلفي) a fennálló politikai struktúrát felhasználva, abban politikai játékosként részt véve törekedett a állam iszlamista átfazonírozására. Ezt az irányzatot képviselte a Damaszkuszban 1932-ben létrehozott Ahmad Mizhar al-Azma nevével összekapcsolódó Iszlám Civilizáció Egyesület (جمعية التمدّن الإسلامي).
Nem a szalafita mozgalmakban gyökerezett ugyan, sőt azok riválisaként lépett fel, de azok célkitűzéseiben sok ponton osztozó, a palesztin gyökerekkel rendelkező Taqí al-Dín al-Nabhání által alapított pániszlám Felszabadítás Párt (حزب التحرير), amely a kaotikus, katonai puccsokkal tarkított ötvenes években jelent meg Szíriában, nem rendelkezett jelentős társadalmi támogatottsággal. Az iszlám világ előtt álló kihívásokra globális válasszal – azaz az 1924-ben Mustafa Kemal által felszámolt kalifátus visszaállítása programjával – fellépő szervezet kezdettől fogva riválisaként tekintett a másik internacionalista iszlamista hálózatra, a Muszlim Testvériségre. Részben emiatt, részben a Szíriában tapasztalható gyengesége és társadalmi veszélytelensége miatt a titkosszolgálatok nem léptek fel az egyébként illegalitásban dolgozó szervezet ellen, hanem abba mélyen beépülve a nagyobb veszélyt jelentő Muszlim Testvérek és radikális szatellitái ellen használták fel azt.
A szovjet-ellenes majd polgárháború sújtotta afganisztáni harci tapasztalatokkal visszaszivárgó fegyveres iszlamisták szíriai és az akkor még szír katonai felügyelet alatt lévő Libanonban tapasztalható megjelenése, valamint a Háfiz al-Aszad elnök egészségi állapotából következően közeledő hatalomváltás előkészítése azonban 1999-ben lépésre ösztönözte a szíriai hatóságokat. Ekkor letartóztatták a párt számos szíriai és libanoni tagját s ez a kemény kormányzati álláspont meg is maradt a szervezettel szemben a hatalmat apja halála után 2000-ben átvevő Bassár al-Aszad vezetése alatt is.
Az iszlamistákkal szembeni politika alapvetően különbözött az apa és fia vezetése idején. Háfiz al-Aszad (1971-2000) alapvetően a felekezeti egyensúly politikáját igyekezett megvalósítani az 1982-ben lezárult véres iszlamista felkelés leverését követően. Az elnök nemcsak a szunnita iszlamisták irányába lépett fel keményen, hanem az alaviták által a véres összecsapások alatt létrehozott szervezetei ellen is: 1983-ban felszámolta a testvére, Dzsamíl al-Aszad által létrehozott Murtadá Egyesületet (جمعية المرتضى), amely az alaviták/síiták pozícióinak erősítését tűzte ki célul a szíriai társadalomban.
Az eseményt természetesen nemzetközi kontextusban is néznünk kell: az iráni iszlám forradalom győzelmét követően megerősödött a síiták aktivitása Szíriában és a szomszédos, polgárháború sújtotta Libanonban. Az elnök azonban egyensúlyozásra kényszerült: nem engedte az iráni befolyás maradéktalan érvényesülését, ezért inkább az alavita politikai/katonai vezetés és a társadalom többségét adó szunniták, valamint a többi vallási kisebbség közötti kompromisszumok kiszélesítésére törekedett. (A forradalmi Irán szövetségese lett a szíriai vezetésnek, de ekkor még korántsem az első számú: ebbe a szerepbe akkor már két évtizede belemelegedett a Szovjetunió.)
Azon persze lehet vitatkozni, hogy a kiszélesített szunnita, keresztény és drúz politikai/erőszakszervezeti/gazdasági jelenlét mennyire volt valós hatalommegosztás vagy csak kirakat és porhintés, kétségtelen, hogy az elnök hatalmának utolsó éveiben – a szélsőséges iszlamisták elleni vasököllel történő fellépés mellett – a felekezetek közötti egyensúlyozó politikát tartotta eredményesnek.
