A hanyatlás, mint ahogy az lenni szokott, belülről indult. 1661 és 1673 között polgárháború dúlt a szultanátusban.
Ezután Brunei nem tudta megakadályozni, hogy először a tőle északkeletre húzódó Sulu szultanátus, majd a Fülöp-szigetekre is rátenyerelő britek elragadják Borneo északi részét,…