A legnagyobb iszlám közösségek Albániában, Koszovóban, Boszniában élnek. Ezekben az országokban a lakosság nagyobb része muszlim. Kisebbségben élnek Macedóniában, Bulgáriában, Szerbiában, Montenegróban és Görögországban. Egészen kicsi közösségeik találhatók Romániában, Horvátországban és Szlovéniában.

A balkán-félszigeti iszlám semmiképpen nem tekinthető egységesnek. A törésvonalak egyrészt etnikaiak, másrészt az iszlámon belüli irányzatok között húzódnak.

Az etnikai törésvonalak: 

• albánok (Albániában, Koszovóban, Montenegróban, Szerbiában, Görögországban)
• bosnyákok (Boszniában, Szerbiában, Montenegróban)
• törökök (Bulgáriában, Romániában, Boszniában, Szerbiában, Macedóniában, Görögországban)
• tatárok (Romániában, Bulgáriában)
• pomákok (bolgár muszlimok)
• torbesek (macedón muszlimok)
• más, a többségi nemzetekből betértek.

Az etnikai törésvonalak mentén komoly feszültségek húzódnak, a modern kori nacionalizmus felülírja az egy vallási közösséghez, az ummához való tartozás élményét. A legproblematikusabb ellentét a szláv muszlimok (mindenekelőtt a bosnyákok, akik számára az iszlám a nemzeti identitás alapja lett) és az albánok (akik számára a nemzeti identitás alapja az évszázados anti-szláv álláspont) között feszül. Etnikai oldalról alapvetően ez az ellentét akadályozza meg bármiféle valós (ideológiai, kulturális vagy akár politikai iszlám egység létrejöttét a Balkánon.

A felekezeti törésvonalak:

1- Mérsékelt szunniták. Tradicionális vallási közösségek, az oszmán állam hagyományait ápolják, a többnyire vallási kisebbségi létet elfogadják, a többségi nemzetekkel szemben a kooperáció és békés egymás mellett élés hívei. Ők alkotják a muszlim közösségek többségét valamennyi balkáni országban. Többségük a hanafita, kisebb részük a sáfiita vallásjogi iskolát követi. (Ennek nincs hatása az egymás közötti vagy a többségi keresztény közösségekkel való interakcióikra.) Ennek a többségnek nagy támogatója egy évtizede – és egyre inkább – az Ergoğan/Davutoğlu-i Törökország.

2. Szalafita/vahabita szunniták. A hagyományos balkáni iszlámtól idegen, az elmúlt két évtizedben jelentkező, Szaúd-Arábiából érkező irányzat. Az iszlám gyökereihez (a Próféta és társai, a szalaf „tiszta iszlámjához” való) visszatérést hirdetik. E megtisztulási folyamat kettős irányú: egyrészt a „tévelygő muszlimok” igaz útra terelését hirdetik. Tévelygő minden muszlim, aki nem az ő ideológiájukat hirdeti. Különösen keményen lépnek fel a Balkánon jelentős hagyományokkal és társadalmi támogatottsággal bíró szúfizmussal szemben. Másrészt – ugyancsak a szalaf példája nyomán a nem muszlimok megtérítését tűzik ki célul. Harcuk tehát két irányú és mindkét irányban az erőszakot, mint szükséges eszközt hirdetik. Teljesen elvetik a többségi keresztény társadalmak létjogosultságát, velük az erőszak minden formája megengedett. Mindenhol kisebbséget alkotnak a muszlim közösségekben, de a fiatalok körében időnként jelentős befolyásra tudnak szert tenni. Az 1990-es években Bosznia-Hercegovinában a főként Afganisztánt megjárt arab származású mudzsáhidek építettek ki társadalmi bázist (Tuzla, Zenica, Travnik, Gornja Maoca térségében). Ugyanekkor jelentek meg Afganisztánt ugyancsak megjárt albán vahabiták Albániában és Koszovóban. Az ezredfordulón megvetették lábukat a szerbiai Szandzsákban (főként Novi Pazar és Tutin környéki falvakban) majd az elmúlt években a dél-szerbiai albánok lakta területeken (Preševo, Bujanovac és Medveđa térségében). 1995 és 2005 között számos impozáns mecsetet építettek az előbb említett térségekben, ahol kezdetben arab országokból importált, majd az adott területről származó Szaúd-Arábiában iskolázódott helyi fiatalok lettek a mecsetelöljárók. 2001. 09. 11. után az adott kormányok keményebben felléptek ellenük, visszaszorultak Boszniában, Albániában, a Szandzsákban, de továbbra is erősödtek a dél-szerbiai albán régióban. Megmaradásukat segíti, hogy ezekben az országokban a hivatalos vallási vezetők – a vahabiták ellenük is harcolnak – retorikai szinten ugyan fellépnek ellenük, valójában azonban szemet hunynak a tevékenységük felett, ugyanis jelentős támogatásokat kapnak szaúd-arábiai hivatalos és nem hivatalos szervezetektől, intézményektől és személyektől. Jelenleg komoly riválisuk lett mind Boszniában, mind Koszovóban és Makedóniában a török kormány által támogatott toleráns oszmán hagyomány.

3. Szúfizmus. Az iszlám spirituális, anti-aktivista irányzatának évszázados hagyományai vannak a Balkánon. A politikától, a térítő tevékenységtől távol maradó iszlám miszticizmus az albán muszlim közösségekben ma is fontos szerepet játszik. Ez az észak-albániai és macedóniai albán közösségekre kiemelten érvényes. A vezető szerepet játszó bektasi-rend központja ma Tiranában, Vlorë-ban és a macedóniai Tetovóban vannak. Befolyásuk van továbbá a macedóniai és bulgáriai török közösségek körében is. Bosznia-Hercegovinában gyengébb pozíciókkal rendelkeznek, a szerbiai Szandzsákban pedig általános elutasításban van részük. A hivatalos vallási vezetők általában megtűrik őket, a többségi nemzeti kormányok pedig inkább támogatják őket, antipolitikusok lévén ugyanis nem jelentek veszélyt, kihívást az államhatalomra.

4. Síiták. A Balkánon hagyományosan idegen irányzat, általános elutasítás övezi őket. Hagyományosan Bulgáriában találhatók nagyobb tízezres számban, de a mérsékeltek közé tartoznak. Az iráni iszlám forradalom után Bosznia Hercegovinában és Albániában a síita forradalmi eszmék Khomeini ajatollah művei nyomán az akkori idősebb – mint alija Izetbegović – és fiatal vallási vezetőkre jelentős hatást gyakoroltak. Ezek ma közép és felsővezetők, Irán politikai tevékenységét, módszereit követendő példának tartják, de a síizmus ideológiai tanításai nélkül. A síizmusnak/Iránnak ma Albániában (Elbasan) és Koszovóban van potenciális terjedési területe.