A Szadat 1981-es meggyilkolása után hatalomra került Huszní Mubárak elnök békülékenyebb politikát folytatott a koptokkal. Senuda viszonya is javult a hatalommal, miután az a gazdasági életben nagyobb teret engedett a kopt közösség tehetősebbjeinek. Mubárak ösztönzésére kapott egyre nagyobb szerepet a tőkeerős, Nyugaton (főként az Egyesült Államokban) élő kopt diaszpóra. A politikai pálya legfelső körei azonban továbbra is zárva maradtak a kerezstény felekezet tagjai előtt. Egyiptomban miniszteri rangot nem viselhet kopt. Korábban így kerülhetett csupán az alacsonyabb rangú külügyi államminiszteri pozícióba a kiváló diplomata Butrosz Butrosz Gálí, a későbbi ENSZ-főtitkár.
A kilencvenes években újra megerősödő extrém iszlamizmussal szemben ugyancsak élvezte Senuda támogatását Mubárak. Ugyanakkor az erősen rurális környezetű, konzervatívan vallásos Felső-Egyiptomban folyamatosak voltak a muszlimok és koptok közötti konfliktusok. Ezek az ezredfordulóra begyűrűztek a viszonylag még nyitottabb szellemű nagyvárosi negyedekbe, így Kairóba és Alexandriába is. Hamarosan lángolni kezdtek a templomok.
Számos konfliktushoz vezettek a két vallás között bekövetkezett vagy akár csak vélelmezett áttérések. A kölcsönös vádaskodások alapja egyes muszlimok – ritka – kikeresztelkedése, illetve kopt nők betérése az iszlámba. A tömegpszichózis szabályainak megfelelően azonban nem volt szükséges, hogy az egyes vádak igazolást nyerjenek; a véres összetűzésekhez elég volt pusztán a vád.
Senuda igyekezett a Mubárak-rezsimmel jó kapcsolatokat ápolva az államapparátus és az erőszakszervezetek segítségével csökkenteni az irántuk megnyilvánuló időnkénti súlyos ellenszenvet. Vezetése alatt a kopt közösségben erősen nőtt a vallásosság. (Ez persze részben a folyamatos külső nyomásnak is köszönhető.) Ugyancsak intenzív diplomáciai erőfeszítéseinek köszönhetően – és ebben a törekvésében találkozott Mubárak elképzeléseivel – az elmúlt két évtizedben megerősödtek az egyiptomi koptok és emigráns hittestvéreik közötti személyes, kulturális és gazdasági kapcsolatok.
A most elhunyt vallási vezető tevékenységének legfőbb ismertetőjegye azonban az volt, hogy szakított elődei politikailag passzív, csak az egyházi és lelkiéletre koncentráló munkásságával. Senuda aktívan foglalt állást mind bel-, mind külpolitikai kérdésekben s ebben a törekvésében – a hatalomnak megfelelő keretek között – támogatójára talált Mubárak elnökben. Ez a reálpolitikán alapuló lojális politikai álláspont volt az oka, hogy a kopt vezető a legvégsőkig óvta felekezetét a tavalyi ellenzéki megmozdulásokban való részvételtől és gyakorlatilag csak a hatalomátvétel után üdvözölte a forradalmat. Ezzel együtt arra is felhívta a figyelmet, hogy az iszlamista erők térnyerése nem biztos, hogy életbiztosítást jelent a kopt közösség jövőjére nézve.
A koptok kilátásai nem igazán rózsásak. (Miként a többi közel-keleti keresztény közösségé sem.) Bár ők maguk 10%-ra teszik számarányukat a nyolcvanmilliós egyiptomi népességben, ez mára inkább közelít a 6% felé. A körükben tapasztalható jóval alacsonyabb gyermekvállalási kedv és az erős kivándorlási hajlam a többségi társadalom most zajló iszlamizációjával további nehézségeket okozhat. A tendencia Kairótól Bagdadig tapasztalható. Senuda halálával és Mar Naszralláh Butrosz Szfeir libanoni maronita pátriárka tavalyi visszavonulásával a közelmúltban a keleti keresztények két legbefolyásosabb vezetőjüket veszítették el. Hiányuk nagyon fájó lehet az elkövetkező időszakban.
Senuda utódját egy 1957-es törvény alapján választják majd meg. Mintegy 2000 kopt vezető vallási és világi személy tesz javaslatot az új pápa személyére, majd a három legtöbb szavazatot elért jelölt nevét egy ládikóba helyezik. Ezt követően egy kopt gyermek húzza ki a győztes nevét; ekképpen biztosítva az isteni beavatkozás lehetőségét a pápa személyének kiválasztásában. Úgy tetszik, még az isteni beavatkozás is kevés lehet egy Senudához hasonló karizmával rendelkező vezető kiválasztásához.