Más szituáció elé került azonban utódja, a meglehetősen fiatalon a hatalom csúcsára ért Bassár al-Aszad. Több, súlyos kihívással kellett szembenéznie. Amellett, hogy kora és tapasztalatlansága (nem ő volt a kijelölt utód, hanem 1995-ben autóbalesetben elhunyt bátyja, Bászil, így mindössze pár éve maradt a szemorvos végzettségű Bassárnak a vezetői szerepre való felkészülésre) miatt az első években erősen osztoznia kellett a hatalmon apja régi harcostársaival, három, a régió egészére jelentős kihatással lévő eseményre kellett reflektálnia s ebben fontos szerepet játszott viszonya az újjáéledő iszlamista mozgalmakkal.
2001. szeptember 11., a 2003-as iraki háború majd Rafíq al-Harírí ex-miniszterelnök 2005-ös meggyilkolását követő libanoni kivonulás új helyzet elé állította a fiatal elnököt. Mindez pedig egy időben történt a Szovjetunió szétesését követő évtizedben (a Jelcin-éra) már érzékelhető orosz politikai/katonai befolyás csökkenésével s a keletkező vákuumba benyomuló iráni politika mind erőteljesebb Szíriában érvényesülő hatásával.
Az ezredfordulót követően kaptak egyre nagyobb mozgásteret az Irán által támogatott különböző síita (tizenkettes, nem alavita) formációk, mint az Új Síiták Szervezete (المتشيعين الجدد جماعة ). Ugyanakkor a szunnita iszlamisták tevékenységének korlátozása tovább erősödött.
Ez nemcsak a rendszer „hagyományos” iszlamista ellenfeleire, mint a Muszlim Testvériség vagy a Felszabadítás Párt – terjedt ki, hanem az úgynevezett modernista iszlamistákra, mint az iszlám világban nagy hírnevet és széles támogatói bázist kiépített egyiptomi média-prédikátor, Khálid Amrú híveire. A társadalom békés, nevelés-alapú reiszamizációját hirdető Amrú, egyfajta arab Billy Grahamként különösen a városi középosztály fiatalajinak százezreit mozgatta meg az elmúlt másfél évtizedben Közel-Kelet szerte, így Szíriában is. Szervezetének (Életalakítók صناع الحياة) szíriai követői hamarosan bíróság előtt találták magukat. Apró kis megjegyzés: ez a tendenciózus és kemény fellépés akkor nem szúrt szemet Nyugaton: beleillett a radikális iszlamisták elleni nemzetközi fellépés tendenciáiba. A szír kormány pedig retorikájában mindent megtett, hogy ez irányú lépéseit ebbe a kontextusba helyezze.
A Szaddám Huszajn-rendszer felszámolása és az amerikai csapatok iraki jelenléte hamarosan még szorosabbra húzta a Teherán és Damaszkusz közötti politikai-biztonsági együttműködést. Ez egyben azt is jelentette, hogy az Aszad-rezsim még kérlelhetetlenebbül lépett fel Irán legfőbb regionális politikai/vallási/gazdasági riválisának, Szaúd-Arábiának minden szövetségese és szatellit csoportja ellen.
Ugyanez az elmozdulás tapasztalható Damaszkusz álláspontjában a palesztin csoportok támogatását illetően. A korábbi, főként szekuláris csoportok (PFLP, DFLP) helyett a Teherán által preferált Iszlám Dzsihád (حركة الجهاد الإسلامي في فلسطين) és a Hamász (حركة المقاومة الاسلامية) került a szír vezetés érdeklődésének középpontjába.
Ugyanakkor miután Szíria a Harírí-merénylet utáni feszült elutasító légkörében kivonta csapatait Libanonból, a kontrollja alól kikerülő ottani palesztin menekülttáborokban olyan szalafita/dzsihádista hátterű csoportok születtek,, illetve aktivizálódtak, amelyek ideológiájukat tekintve mindenképpen szaúdi érdekeket jelenítettek meg, és a legtöbbjük mögött az Öbölből érkező anyagi támogatás is meglapult. A Segítők Csoportja (Uszbat al-Anszár عصبة الأنصار), a Fény Csoport (Uszbat al-Núr عصبة النور), a Szíria Haserege (Dzsund al-Sám جند الشام). Az Iszlám Hódítása (Fatah al-Iszlám فتح الإسلام) Szíria-ellenes politikusok szerint az Aszad-rezsim támogatásával erősödött meg a szomszédos országban. E vélemények szerint Damaszkusz Libanon destabilizálására adta át e szervezetnek a korábban Szíria-szövetséges a Felkelés Hódítása (Fatah al-Intifáda فتح الانتفاضة) irodáit, raktárait, kiképző táborait. Kétségtelen, hogy a libanoni kivonulás után Damaszkusz célja lehetett a szomszéd ország belpolitikai instabilitása s ezáltal ottani korábbi befolyásának prolongálása, de konkrét bizonyítékok híján nehéz véleményt alkotni. Kétségtelen viszont, hogy a szíriai vezetésnek 2007-es Nahr al-Bárid-i katasztrófa (a Fatah al-Intifáda ellenőrzése alá került menekülttábort a libanoni hadsereg véres harcokban a földig rombolta) komoly figyelmeztetés volt a szélsőséges iszlamisták szerveződési képességeit, külső anyagi támogatását és fegyveres erejét illetően. S nem véletlenül: ezek a libanoni bázisú szervezetek, illetve maradványaik aztán be is kapcsolódtak a néhány évvel később elkezdődött szíriai polgárháborúba is.
