Az oszmán birodalom meggyengülése és a nyugati gyarmatosítás megjelenésekor az Azhart már a szunnita iszlám első számú oktatási intézményének tartották. Mindenkori vezetője lavírozni igyekezett a változó politikai viszonyok között. Együttműködött Napóleonnal, majd szembefordult a franciákkal. A modern Egyiptomot megteremtő Muhammad Ali dinasztiája alatt a 19. században tovább erősödött az Azhar tekintélye. Vezetője viszont – mint az egyiptomi kedive/alkirály majd király kinevezettje – egyre szorosabban kötődött az államhatalomhoz. 1911-ben az intézmény vallástudósaiból létrejött ugyan egy grémium, hogy maga válassza meg a mindenkori sajkh al-azhart, de a mindenkori kormány továbbra is beavatkozott annak kiválasztásába.
Az állam teljes kontrollja a Nasszer vezette forradalom után következett be: egy 1961-es törvény, amely a vallási főiskolát több karral rendelkező egyetemmé fejlesztette, éppen a vallásos jelleg háttérbeszorítása céljából, garantálja a köztársasági elnök jogát az Azhar vezetőjének kinevezésére. Így az önmagát a szunnita iszlám szellemi központjának tartó intézmény élén álló „spirituális vezető” a lojalitása a mindenkori államhatalomhoz megkérdőjelezhetetlenné vált.
Ez a lojalitás érhető tetten az Azhar sejkjeinek fatváiban, amelyek az arab-izareli konfliktusokkal terhelt ötvenes-hatvanas években keményen támadták a zsidó államot, majd a politikai szélirány megváltozásával Muhammad al-Bajszár sajkh al-azhar fatvában adta áldását Szadat egyiptomi elnök jeruzsálemi útjára, amely a Camp David-i békével majd Szadat szélsőséges iszlamisták általi meggyilkolásával végződött.
Muhammad Szajjid Tantáví sejk már tíz éve volt Egyiptom főmuftija, amikor 1996-ban Huszní Mubárak elnök kinevezte az Azhar Egyetem és mecset élére. Munkásságát muszlim vallástudósok az Azhar-sejk tekintélyének további rombolásaként értelmezik. Szinte valamennyi megnyilatkozása az egyiptomi kormány politikáját támogatta és óriási vitákat váltott ki vallástudósi körökben.
A 2003-ban kiadott fatvái támogatták a Szaddám Huszajn rendszerét megdöntő háborút s több munkatársát látványosan eltávolítatta az Azhar vezetéséből, miután az amerikai katonák elleni harcra szólítottak fel. Hasonlóképp járt el azon kollégáival is, akik az iraki átmeneti kormány legalitásában kételkedtek. Tantáví sejk több alkalommal is az szélsőségességet nevezte az iszlám legfőbb ellenségének.
Támadás érte őt számos vallástudós – köztük az egyiptomi származású, de Qatarban élő szintén volt Azhar-tanítvány Júszuf Qardáví sejk részéről –, amikor tőlük eltérően erkölcsi aggályokat fogalmazott meg az izraeli civil lakosság elleni öngyilkos merényletek kapcsán. Az izraeliek elleni dzsihádot mindenki számára kötelezőnek nyilvánította ugyan, feltételül szabta azonban a szent háború hivatalos kihirdetését, így megtiltotta, hogy egyéni dzsihádista akciók céljából valaki átlépje az izraeli határt. Még nagyobb felhördülés kísérte néhány évvel ezelőtti nyilvános kézfogását Simon Peresz izraeli elnökkel egy vallások közti párbeszédet szorgalmazó New York-i konferencián, hogy zsidó rabbik kairói irodájabeli fogadásáról ne is beszéljünk.
